基本上捐卵療程對身體造成的影響微乎其微，不會有後遺症。唯有多囊症候群的女性會因為對於藥物的反應良好，可能會引發卵巢過度刺激症候群（OHSS），所以若有此病症的女性，醫生會降低給藥的劑量，以避免可能的副作用。卵巢的庫存量在出生時就已經固定了，青春期開始，每個月生理期來，兩側卵巢便有數十顆卵子準備開始成熟，但不經過任何藥物輔助，每個月體內分泌的女性荷爾蒙只足夠供應1～2顆卵子成熟，其餘沒被挑選到的小卵泡便會自行萎縮被身體代謝。排卵藥物只是拯救每個週期本來就會萎縮的卵子，提供足夠的荷爾蒙讓這些卵子全部長大可以被取出，因此並不會使用到未來的卵子，也不會影響卵子庫存量或是讓更年期提早到。